בתקופת בית שני התורה שבעל פה נמסרה בשני ערוצים, המדרש והמשנה. במדרש הובהרו מילות הפסוקים ומשמעותן ההלכתית, ונלמדו הדינים על פי "המידות שהתורה נדרשת בהן". 
בתקופה רבת התהפוכות שאחרי חורבן הבית, ביבנה ובגליל, למדו והרחיבו את המשנה ואת המדרש. בימי רבי יהודה הנשיא ובדור שאחריו כבר היו גופי תורה שבעל פה ערוכים, וכעבור זמן נכתבו והיו לחיבורים המוכרים לנו: המשנה והתוספתא, ומדרשי התנאים על ארבעה חומשים. המדרשים פותחו בגישות שונות בשני בתי מדרש: של רבי ישמעאל ושל רבי עקיבא. בדורות הבאים תלמידי החכמים התמקדו בדיונים על המשנה ומקבילותיה, ועיקרם נערך והיה לשני התלמודים: תלמוד ארץ ישראל, ׳הירושלמי׳, והתלמוד הבבלי. הלימוד בתלמוד הבבלי הפך להיות הלימוד העיקרי, ואילו את מדרשי התנאים למדו רק יחידים ועותקיהם התמעטו. עם הופעת הדפוס יצא לאור מה שנשמר מהם.
כתבי יד שנשכחו בספריות ובגניזה נתגלו על ידי המחקר, ומהדורות מדעיות פרסמו נוסחים קדומים וצורות מקוריות של לשון חכמים. למרות זאת, העיון בהן נשאר קשה.
במהדורה לימודית זו של המכילתא, מדרש התנאים על ספר שמות מבית מדרשו של רבי ישמעאל, הנוסח מתוקן לאור המחקר – ניקוד כלשון חכמים, פיסוק וחלוקה לשורות, השלמת פסוקים ופירוש למילים הקשות, בעיקר היווניות והלטיניות.
המכילתא מכניסה אותנו לעולמם של חכמינו. מתיקות השפה, עירוב האגדה וההלכה, אהבת ישראל ואהבת הארץ העולים ממנה, מספקים טעימה אמיתית של "תורת ארץ ישראל", שהרב קוק ציפה לתחייתה.